Historia Bunkra sięga 1950 roku, kiedy zarządzeniem Ministra Kultury i Sztuki powołano Krakowski Oddział Centralnego Biura Wystaw Artystycznych (CBWA). Istotne dla historii Galerii zmiany o charakterze administracyjnym nastąpiły po 1989 roku. BWA, z siedzibą przy placu Szczepańskim 3a, przeszło w struktury samorządowe Gminy Miasta Kraków i w 1994 roku został mu nadany status galerii miejskiej.

Pomysł na Bunkier Sztuki wynikał z zupełnie nowego spojrzenia na potencjał, jaki to miejsce miało i ma: jest nie tylko największą galerią w województwie małopolskim, ale również największą galerią miejską w kraju. Zasadniczym celem stało się wykreowanie centrum sztuki współczesnej, wykraczającego swoją działalnością poza lokalność Krakowa, funkcjonującego według standardów zachodnich instytucji o podobnym profilu zarówno pod względem jakości merytorycznej, jak i profesjonalizmu w realizacji ekspozycji.

Bunkier Sztuki to przede wszystkim galeria – miejsce bezpośrednich spotkań ze sztuką i artystami. Organizujemy wystawy, projekcje i dyskusje z twórcami. Wokół tego „powołania” tworzymy uzasadnienia, wyjaśnienia i atrakcje. W Klubie Bunkra Sztuki prezentujemy problemy, które poruszają artystów. Mówimy o: polityce, religii, gender, tabu, mediach. Głównym doradcą programowym jest „nerwowość” sztuki. Przyglądamy się również strategiom artystycznym i innym instytucjom sztuki. Ambicją Bunkra jest program pokazujący bogactwo medialno-refleksyjne sztuki nowoczesnej.